L’AFRETh a été créée en 2004 pour promouvoir la recherche scientifique appliquée à l’activité des établissements thermaux, et notamment la recherche clinique. Les études de type clinique constituent la priorité des ses travaux. L'AFRETh porte également son attention sur les travaux biologiques permettant une meilleure connaissance des produits thermaux, ainsi que sur les apports de la cure thermale en matière d’éducation à la santé.